Geneza powstania wielu jezior jest bardzo zróżnicowana. Większość jezior w naszym kraju ma charakter polodowcowy, czyli powstały one w wyniku bezpośredniej bądź pośredniej działalności lodowców.
Jezioro Tanganika jest stosunkowo bardzo rzadkim rodzajem jeziora tektonicznego, które powstało wskutek działania ruchów w skorupie ziemskiej. Nie wgłębiając się w szczegóły budowy naszej planety, można porównać ją do znanego owocu pomarańczy. Wyobraźmy sobie na przykład, że skórka pomarańczy jest skorupą kuli ziemskiej, czyli tym co można podziwiać jako góry, skały, równiny oraz co może sięgać kilometry poniżej naszych stóp, a co w konsekwencji posiada konsystencję stałą. Pod taką stałą skorupą planety Ziemi, pod taką skórką pomarańczy, możemy mieć morze półpłynnej substancji, która posiada konsystencję mazi, a która w naszym porównaniu jest soczystym owocem.
Z wiedzy o ewolucji biosfery i geologii Afryki można z absolutną pewnością wywnioskować że bioróżnorodność jezior w Afryce wynika przede wszystkim z ich historii geologicznej.
